区域比较：病灶与周围有什么不同？
将关注区域与表达模式联系起来，比较病灶、邻近组织或不同组织层次的 RNA 差异。可得到目标区域与 RNA 表达模式的对应关系，组织形态与标注会影响解释。
TISSUE / SPATIAL RNA
空间转录组 · Visium / Visium HD
空间转录组，
看清变化发生在哪里。
通过 10x Visium / Visium HD 空间转录组测序，把 RNA 表达放回组织形态，比较病灶与周围区域、肿瘤与间质或不同组织层次。先看关注区域、样本条件与研究尺度，再选择适合的路线。
10x Visium · Visium HD
SPACE / 组织中的位置
H&E × SPATIAL RNA
01 / MORPHOLOGY组织形态
02 / SPATIAL RNARNA 分布
从组织结构，读到区域表达。
查看完整原图
02 / SPATIAL RNARNA 分布
从组织结构，读到区域表达。
查看完整原图
原图两个面板并列重排 · Visium CytAssist 示例，非 HD。
01 / YOUR RESEARCH
从“整体变了”，
走到“哪里变了”。
空间转录组更适合位置本身就是研究问题的课题。与其先追求更细的名称，不如先说明组织里最值得比较的区域。
边界与微环境：变化集中在哪些局部？
围绕肿瘤—间质边界、炎症区域或其他局部结构，寻找边界与局部区域的表达线索。需要的区域范围和粒度，应在取材与路线选择前明确。
候选定位：已有信号是否呈现空间分布？
把单细胞、整体测序或文献中已有的候选放回组织，检查其空间表达背景。若进一步关注选定蛋白及细胞表型，可评估 mIHC。
从研究尺度，理解两条路线
先看组织区域之间的表达差异。
把捕获位置的表达模式与组织形态对应起来，适合讨论病灶、间质和组织层次等区域问题。
- 看什么
- 空间捕获位置的表达模式与区域比较。
- 怎么理解
- 传统 spot 可能覆盖多个细胞，不能直接按一颗细胞解释。
下一步
带上组织图像、目标区域和分组，评估具体体系与取样范围。
再看局部更细的空间异质性。
当课题关心局部结构、组织边界或更细粒度的差异时，可讨论 HD 体系与图像、bin 或分割分析的适配。
- 看什么
- 结合空间条码、图像与所选分析单元阅读局部表达。
- 怎么理解
- HD 的条码或 bin 不等于每个真实细胞的一份完整转录组。
下一步
结合组织质量、具体版本、关注尺度及测序和分析预算选择。
先看研究区域和组织条件，再比较粒度、测序与分析范围。
02 / CHOOSE A METHOD
Visium、HD，还是细胞与蛋白方法？
把组织区域、局部尺度、细胞参考和蛋白表型分开考虑，选择最贴近当前问题的方法。
| 我的研究问题 | 优先了解 | 为什么选它 | 得到线索之后 |
|---|---|---|---|
| 组织区域和结构之间，RNA 模式有什么不同 | Visium | 先把表达模式与组织区域对应，回答哪里不同。 传统 spot 可包含多个细胞 | 结合组织图像做区域表达比较 |
| 需要研究局部更细的空间异质性 | Visium HD | 当目标是局部结构与更细粒度差异时，讨论 HD 的适配更有针对性。 粒度不能直接等同于完整单细胞转录组 | 讨论条码、bin 或分割分析与目标结构的适配 |
| 需要细胞群组成与转录状态参考 | 10x 单细胞转录组 | 空间区域的表达可以结合细胞参考解释，但并非每个项目都要补测。 常规单细胞本身没有原组织坐标 | 辅助形成细胞类型及状态解释 |
| 目标蛋白明确，想看共表达和细胞表型 | mIHC | 已知蛋白及细胞关系是更直接的目标，不必先做 RNA 探索。 测量蛋白，与空间 RNA 不是等价读数 | 评估 Panel，观察组织中的选定蛋白标记 |
PUBLISHED RESULT / 公开多模态研究
原文以 FFPE 乳腺组织比较单细胞、Visium 及其他原位分析。这里保留完整 Fig. 2 的图名、图例与标尺，Visium 部分并非 HD。 点击可查看完整原图。
RESEARCH / READ THE RESULT
位置有了，
再问这些信号来自哪里。
真实研究通常把组织形态、空间分群与候选基因一起阅读，而不是只看一张彩色图。
形态提供组织背景
H&E 图像帮助识别组织结构与目标区域；区域标注应结合病理和课题背景。
空间颜色代表什么？
图中彩色分群来自 RNA 数据与分析，spot 可包含多个细胞。它不是 mIHC 的蛋白通道，也不是每个点一颗完整细胞。
把候选带到蛋白层面
选择有依据的蛋白标记，可评估 mIHC 的组织分布与共表达。相邻切片需要按区域关联，不能默认是同一细胞配对。
03 / CONNECT THE METHODS
空间 RNA，
如何连向细胞与蛋白？
单细胞数据可帮助理解部分空间信号可能对应的细胞群；mIHC 可进一步观察选定蛋白与组织表型。空间研究不要求先做单细胞；已有蛋白靶标、只想看细胞关系时，也可直接从 mIHC 开始。不同切片和检测层级的结果需要按实际依据关联。
空间区域已经找到，还想理解可能涉及哪些细胞群。
Visium / HD：定位相关 RNA 模式与组织区域 → 已有或补充的单细胞参考：辅助解释细胞群组成与状态。将区域线索与细胞背景相互参照。 是否需要新做单细胞按现有资料决定；参考映射不等于直接观察同一细胞。
RNA 出现空间差异，想继续看对应的蛋白和细胞表型。
空间转录组：筛选值得追踪的区域与候选 → mIHC：评估候选蛋白、组织适配与 Panel，观察组织表型。让 RNA 位置与选定蛋白证据互相补充。 配对标本及切片应提前设计；相邻切片不是同一细胞配对。
04 / PROJECT PLANNING
先看组织条件，
再安排空间研究。
按实际样本和研究范围逐项沟通，不用一个固定套餐代替实验设计。
问题与目标区域
准备研究分组、组织背景和关注区域，说明已有病理及参考信息。
样本与路线评估
确认组织保存、切片和质控条件，再比较 Visium 与 Visium HD 的适配。
采集与分析约定
讨论测序、图像与坐标、区域注释和比较范围；具体体系与参数单独确认。
解读与后续验证
确认矩阵、图像坐标、质控与分析文件的交付范围，再选择必要的蛋白或功能验证。
05 / QUESTIONS & ANSWERS
把几个问题，
先讲清楚。
Visium HD 是否在任何课题中都更合适？
不一定。选择取决于组织质量、具体体系、关注区域与尺度，以及测序和分析范围。先明确区域问题，比单纯追求更细粒度更有用。
已经有单细胞数据，还需要空间转录组吗？
如果还需要研究 RNA 信号在组织哪里、与哪些区域结构相关，空间检测能补充位置证据。已有单细胞数据可作为部分注释与分析的参考，是否适用需核对数据与组织背景。
没有单细胞数据能直接做空间吗？
可以先评估，不是所有项目都必须先做单细胞。是否需要参考数据，取决于注释目的、组织背景和分析方法。
与 mIHC 联用，是否就能匹配到同一颗细胞？
不能默认。相邻切片的细胞组成和位置可能不同，区域关系可比较，但同一细胞的 RNA 与蛋白配对需要专门兼容流程与配准依据。
06 / RESEARCH & REFERENCES
带着问题，读研究。
精选方法与应用文献，帮助理解研究思路。
公开研究不代表佰默项目或检测性能承诺。
- 01联合研究
High resolution mapping of the tumor microenvironment using integrated single-cell, spatial and in situ analysis（在新窗口打开）
FFPE 乳腺癌研究将单细胞与 Visium 空间结果联系起来：前者细分细胞群，后者把分群和基因信号放回组织区域。
研究结合 Visium CytAssist 与 Xenium 等方法，相关空间图不是 Visium HD 结果。
DOI: 10.1038/s41467-023-43458-x
- 02HD 实际研究
High-definition spatial transcriptomic profiling of immune cell populations in colorectal cancer（在新窗口打开）
结直肠癌研究以 Visium HD 阅读空间异质性，提供理解 HD 与组织微环境问题的实际例子。
空间条码、bin 与分割细胞需区分，解读取决于实际分析单元。
DOI: 10.1038/s41588-025-02193-3
- 03数据整合方法
Cell2location maps fine-grained cell types in spatial transcriptomics（在新窗口打开）
介绍单细胞参考与空间数据结合的统计推断方法，帮助理解细胞成分映射的用途。
细胞成分映射属于统计推断，依赖参考数据与组织条件。
DOI: 10.1038/s41587-021-01139-4
空间转录组 · Visium / Visium HD / 项目沟通
把你关心的区域，
先圈出来。
准备组织类型、保存条件、已有病理图像及希望比较的区域。即使还没确定 Visium 或 HD，也可以先从研究问题讨论。
讨论空间研究方案