疾病比较：变化来自哪一群细胞？
疾病与对照的整体表达不同，可能来自细胞组成改变，也可能来自某类细胞自身的状态改变。分别阅读组成与群内表达，可得到细胞群组成和群内表达两类线索。
CELL / TRANSCRIPTION
10x 单细胞转录组测序
10x 单细胞转录组，
看清组成与状态。
用 10x 单细胞转录组测序，比较疾病、处理或时间点之间的细胞组成与转录状态，寻找候选细胞、基因和通路线索。需要知道它们在组织哪里，或观察已知蛋白表型时，再评估空间转录组与 mIHC。
10x 平台 · 单细胞转录组
CELL / 细胞的组成
UMAP / 公开研究片段
成纤维细胞Fibroblasts
内皮细胞Endothelial
心室肌细胞Ventricular cardiomyocytes
以细胞类型，理解样本的差异。
查看完整原图
成纤维细胞Fibroblasts
内皮细胞Endothelial
心室肌细胞Ventricular cardiomyocytes
以细胞类型，理解样本的差异。
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公开图谱局部重排；仅辨识部分类型，不比较群体大小或 UMAP 距离。
01 / YOUR RESEARCH
不止分群，
更要回答课题问题。
当混合样本的平均表达掩盖了细胞差异，单细胞转录组可以帮助拆开问题。下面三类课题尤其值得先讨论。
干预研究：谁在响应，怎样响应？
围绕药物、处理条件或时间点，观察目标细胞群的转录响应。把分组、批次与生物学重复放进比较设计，可得到目标细胞群的表达变化与通路线索。
候选追踪：把基因放回细胞背景。
已有候选基因，却不知道主要来自哪类细胞时，可先查看其细胞来源与组间变化。后续是否需要组织位置、蛋白共表达或功能验证，取决于课题还缺哪一层证据。
你想看清哪一种变化？
是哪些细胞群，在两组之间发生变化？
例如比较疾病与对照，寻找富集、减少或分布不同的细胞群，避免只看到混合样本的平均变化。
- 看什么
- 细胞群注释、组成，以及按样本进行的组间比较。
- 怎么理解
- 比例会受取材与解离影响；比较的重复单位是样本，不是单个细胞。
下一步
若还要知道这些细胞位于组织哪里，进一步评估空间转录组或 mIHC。
同一类细胞，对处理产生了什么响应？
例如比较处理前后某类免疫或基质细胞的表达模式，寻找响应状态及相关通路线索。
- 看什么
- 目标细胞群内的表达变化、状态特征与候选通路。
- 怎么理解
- RNA 表达说明转录层面的变化，不能直接代替蛋白或功能结论。
下一步
从候选中选出需要继续研究的信号，再讨论蛋白表型或功能实验。
已有候选基因，主要由哪些细胞表达？
把整体测序、公开数据或课题中已有的候选放回细胞背景，缩小后续验证对象。
- 看什么
- 候选在各细胞群中的表达分布及组间差异。
- 怎么理解
- 常规解离后的单细胞转录组不保留原组织坐标。
下一步
定位 RNA 可考虑 Visium / HD；观察选定蛋白及细胞表型可直接评估 mIHC。
先明确要回答的问题，再选择分析与验证范围。
02 / CHOOSE A METHOD
单细胞、空间转录组与 mIHC，怎么选？
先区分要探索细胞、定位 RNA，还是观察已知蛋白。每条路线都可以单独开始。
| 我的研究问题 | 优先了解 | 为什么选它 | 得到线索之后 |
|---|---|---|---|
| 未知哪些细胞群、转录状态发生变化 | 10x 单细胞转录组 | 把混合样本拆解到细胞群，同时区分组成变化与群内表达变化。 常规解离后不保留原组织坐标 | 形成候选细胞、基因与通路线索 |
| 想把 RNA 变化放回组织区域 | Visium / Visium HD | 当位置本身是研究问题时，需要保留组织区域信息。 spot、bin 与真实细胞需区分 | 研究区域表达与空间异质性 |
| 已有蛋白标记，要看共表达与组织表型 | mIHC | 靶标已明确时，直接观察蛋白表型比继续探索 RNA 更贴近问题。 检测内容受 Panel、抗体与组织条件影响 | 观察选定标记及细胞空间关系 |
PUBLISHED RESULT / 公开 PBMC 研究
原文 PBMC 转录数据的 t-SNE、分群和标记基因。用于理解结果阅读，不是本服务的自有案例或固定交付样式。 点击可查看完整原图。
RESEARCH / READ THE RESULT
散点不是终点，
细胞背景才是线索。
这张公开 PBMC 研究图，把分群与标记基因表达放在一起。阅读时可以先问三个问题。
这些群，是怎样识别的？
结合标记基因、组织背景与参考知识注释细胞群，不能仅凭散点颜色命名。
候选在哪些细胞中表达？
比较群间表达有助于追踪候选来源；t-SNE 中的距离不代表组织中的距离。
下一步还缺什么证据？
若要定位 RNA，可评估空间检测；若已有蛋白标记、想看组织表型，可直接评估 mIHC。
03 / CONNECT THE METHODS
单细胞之后，
何时看空间与蛋白？
想知道 RNA 信号集中在什么区域，可继续评估 Visium / Visium HD；已有明确蛋白标记，想观察细胞表型、共表达或组织邻近关系，可评估 mIHC。两条路都可单独选择，不需要先把三种方法做齐。配对样本与切片方案应提前安排。
发现一群值得追踪的细胞，想知道它们在哪里。
单细胞：提出候选细胞群及 RNA 特征 → 空间转录组：研究相关 RNA 模式的组织区域。让细胞线索与组织结构相互参照。 映射与注释包含推断，不是同一细胞直接配对测量。
已有候选蛋白组合，想看组织内的细胞表型。
已有 RNA 线索或外部证据：选定待验证标记 → mIHC：评估抗体与 Panel，观察蛋白共表达及组织分布。把候选带到可观察的蛋白和细胞背景。 RNA 与蛋白不是同一读数；可直接从 mIHC 开始。
04 / PROJECT PLANNING
在实验之前，
把沟通做具体。
下面是项目沟通的顺序。样本适配、检测体系、分析与交付范围按项目确认。
研究问题与分组
说明物种、组织、处理条件、生物学重复和希望回答的问题。
样本与检测体系
讨论保存运输、解离条件及 10x 检测体系的适配；其他扩展检测单独确认。
分析与结果阅读
约定质控、矩阵、细胞注释及比较的范围，并区分探索性线索与后续验证。
资料与下一步
逐项确认原始数据、矩阵、质控和分析文件的交付范围，再安排必要的组织或蛋白验证。
05 / QUESTIONS & ANSWERS
把几个问题，
先讲清楚。
我只想验证几个已知蛋白，还需要做单细胞吗？
不一定。如果问题是已知蛋白在哪类细胞中出现、是否共表达或位于组织什么位置，可直接评估 mIHC。只有需要探索细胞组成或 RNA 状态时，再讨论单细胞转录组。
单细胞结果能直接告诉我细胞在原组织中的位置吗？
常规解离后的单细胞转录组没有原组织坐标。空间检测可提供位置证据；算法映射可辅助解释，但不能当作直接测量同一细胞的位置。
测到很多细胞，是否就有足够重复做组间比较？
细胞数量不能替代生物学重复。分组比较应以样本和实验设计为基础，同时考虑批次、取材与处理条件。
是否包含单核、VDJ 或 ATAC？
本页说明已确认的 10x 单细胞转录组方向。其他检测体系及样本适配需要单独确认。
06 / RESEARCH & REFERENCES
带着问题，读研究。
精选方法与应用文献，帮助理解研究思路。
公开研究不代表佰默项目或检测性能承诺。
- 01基础方法
Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells（在新窗口打开）
论文用液滴条码方法研究混合细胞及外周血细胞，是理解细胞分群和标记基因的基础方法读物。
t-SNE 用于展示转录表达相似性，不保留组织位置。
DOI: 10.1038/ncomms14049
- 02实际研究
Cells of the adult human heart（在新窗口打开）
成人心脏图谱结合单细胞、单核 RNA 测序与原位 RNA 成像，展示从细胞类型到组织背景的研究思路。
原研究同时采用单细胞、单核 RNA 与 smFISH，测量层级各有不同。
DOI: 10.1038/s41586-020-2797-4
- 03联合研究
High resolution mapping of the tumor microenvironment using integrated single-cell, spatial and in situ analysis（在新窗口打开）
FFPE 乳腺癌研究将单细胞与 Visium 空间结果联系起来：前者细分细胞群，后者把分群和基因信号放回组织区域。
研究结合 Visium CytAssist 与 Xenium 等方法，相关空间图不是 Visium HD 结果。
DOI: 10.1038/s41467-023-43458-x
10x 单细胞转录组测序 / 项目沟通
先说清课题，
再决定测什么。
告诉我们比较哪几组、关注哪类细胞、样本是什么状态，以及已有的候选或数据。我们据此讨论单细胞是否合适，以及后续是否需要组织或蛋白层面的证据。
讨论单细胞研究方案