组间比较：除了已知指标，还有哪些蛋白变化？
比较疾病、处理或其他研究分组的蛋白变化，形成鉴定、定量与组间变化线索。主要比较、生物学重复与批次安排应在采集前明确。
PROTEIN / LC–MS/MS
蛋白质组学质谱服务
DDA / DIA 蛋白质组，
寻找值得验证的变化。
基于 Thermo Scientific Orbitrap Exploris 480，开展 DDA / DIA 蛋白质组学质谱检测，比较样本中的蛋白变化并筛选候选。尚未锁定少量靶标时可先讨论质谱；已有明确低丰度目标时，也可直接评估 SIMOA。
Thermo Scientific Orbitrap Exploris 480 · DDA / DIA
PROTEIN / 蛋白的变化
ORBITRAP EXPLORIS 480
PROTEOMICS / 采集与解析从离子信号，
到蛋白线索。
公开平台结构 · Fig. 1A
肽段离子质谱采集蛋白解析
查看完整原图
到蛋白线索。
公开平台结构 · Fig. 1A
肽段离子质谱采集蛋白解析
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Exploris 480 论文结构图局部，非设备实拍；具体配置按项目评估。
01 / YOUR RESEARCH
先明确想发现什么，
再决定如何采集。
如果还不知道应重点研究哪些蛋白，蛋白质组学可以帮助拓展候选。若靶标已经明确，先选择直接回答问题的方法。
干预响应：蛋白层面出现了什么变化？
当课题需要从蛋白层面观察处理响应，可结合已有转录或表型资料寻找差异蛋白与通路线索。不同层级不要求一一对应，结果需要回到课题背景解释。
候选收敛：哪些信号值得在更多样本中追踪？
从探索结果中筛出候选后，按目标、样本基质和方法适配选择后续检测。已知低丰度目标可评估 SIMOA；组织位置与细胞表型问题可评估 mIHC。
两种采集策略，服务于同一个研究问题
根据实时信号，选择要碎裂的前体离子。
常用于蛋白鉴定与定量研究。若已有 DDA 数据或相关研究基础，可把数据可比性一起纳入方案讨论。
- 看什么
- 肽段及蛋白鉴定、定量与样本比较，取决于具体方案。
- 怎么理解
- DDA 不只做定性；鉴定与缺失情况受样本、采集和处理影响。
下一步
说明样本分组、已有数据和结果用途，再讨论采集与分析策略。
按设定窗口采集，再用相应策略解析。
可用于多样本蛋白比较，采集窗口、谱库策略与分析软件需要配套设计。
- 看什么
- 所选采集与处理流程下的蛋白鉴定和定量结果。
- 怎么理解
- DIA 不是零缺失或固定覆盖度的承诺，也不等于所有项目都无需谱库。
下一步
把比较目标、批次和分析范围说清，再评估是否适合本项目。
DDA 与 DIA 都可用于鉴定和定量，选择时同时看样本、设计与数据处理。
02 / CHOOSE A METHOD
蛋白组发现、靶向定量与组织定位，怎么选？
先判断要探索蛋白变化，还是对已知指标做低浓度定量，再讨论 DDA / DIA 采集方案。
| 我的研究问题 | 优先了解 | 为什么选它 | 得到线索之后 |
|---|---|---|---|
| 尚未锁定目标，想寻找更广的蛋白变化 | DDA / DIA 蛋白质组学 | 尚无少量明确靶标时，先形成更广的蛋白候选。 覆盖与定量表现按实际样本和方案判断 | 形成候选蛋白与通路线索 |
| 目标明确，需要选定低丰度蛋白的定量 | SIMOA | 已知目标且试剂适配时，可直接讨论高灵敏免疫定量。 需核对物种、基质、抗原形式与检测范围 | 核对试剂后，在适配样本中检测目标 |
| 想比较预设面板范围的蛋白信号 | Olink | 明确面板中的目标是否覆盖课题，便于选择预设范围的比较。 面板内容与读数不能视为质谱或 SIMOA 的等价结果 | 在适配面板中开展样本比较 |
| 目标已知，想看组织定位与细胞表型 | mIHC | 定位和表型问题需要组织证据，整体蛋白变化不能代替位置。 组织表型与体液浓度回答不同问题 | 观察选定蛋白的共表达与组织关系 |
PUBLISHED RESULT / 公开大鼠组织研究
原文 Fig. 5 比较 DIA-FAIMS 与 turboTMT，包含重复性、PCA 和表达聚类。它不是 DDA / DIA 对照，也不是佰默自有数据。 点击可查看完整原图。
RESEARCH / READ THE RESULT
从蛋白列表，
读到样本之间的变化。
公开大鼠组织研究展示了定量数据的几种阅读方式。方法与样本条件应回到原文核对。
E · 整体模式
PCA 中每个点对应一次样本检测，颜色区分组织。它帮助观察样本关系，不是因果证明。
G · 表达聚类
颜色代表标准化后的相对表达（Z-score），适合阅读蛋白与样本模式，不能直接读成血液绝对浓度。
候选之后，选择验证层级
低丰度已知指标可评估 SIMOA；需要组织定位的已知蛋白可评估 mIHC。先核对方法适配，再设计验证。
03 / CONNECT THE METHODS
从质谱候选，
走向定量或组织定位。
蛋白质组学帮助寻找更广的变化；SIMOA 用适配抗体试剂定量选定目标。已有明确低丰度指标时可直接评估 SIMOA。若想知道目标蛋白在组织的什么细胞或区域出现，可评估 mIHC。后续检测由研究问题决定，发现并不意味着必须把所有方法做一遍。
先找候选，再在更多样本中追踪一个低丰度蛋白。
DDA / DIA：在探索样本中寻找候选 → 方法评估：核对目标形式、物种、基质与抗体试剂 → SIMOA：在适配体系中做目标免疫定量。由广泛发现转向明确的目标检测。 不是每个质谱候选都有适配试剂；两种方法的读数不能直接换算。
发现组织中的蛋白变化，继续追问哪些细胞在表达。
DDA / DIA：形成组织蛋白候选 → mIHC：评估 Panel，在组织中观察选定蛋白及细胞表型。把整体蛋白变化放回细胞与组织背景。 已有明确标记时可直接做 mIHC，不必为定位问题先做质谱。
04 / PROJECT PLANNING
从样本到候选，
每一步先明确用途。
以下是方案沟通的顺序。具体样本接收、制备、分析及交付范围经项目评估确认。
研究问题与比较
提供物种、样本类型、分组和生物学重复，明确探索目标及已有候选。
样本与方法评估
讨论保存、制备及适配条件，选择 DDA / DIA 的采集和处理策略。
质控与结果阅读
约定质控、蛋白鉴定定量及比较范围，区分发现性候选与已验证结论。
资料与候选衔接
确认原始数据、结果表、质控及分析文件范围，再评估后续定量或验证方法。
05 / QUESTIONS & ANSWERS
把几个问题，
先讲清楚。
我需要先自己决定 DDA 还是 DIA 吗？
不需要。先说明样本、分组、已有数据和研究用途，再结合采集与分析策略选择。两者都可用于蛋白鉴定和定量，不是简单的高低级关系。
已有几个明确的低丰度蛋白，必须先做质谱吗？
不必。可以直接评估 SIMOA 是否有适配的指标、物种与样本基质。需要寻找更多候选时，再考虑蛋白质组学探索。
在组织质谱中发现候选，能直接用 SIMOA 验证血液吗？
需要先核对目标形式、物种、样本基质与试剂适配。组织中的变化不保证能在血液中检测到相同变化，发现样本与验证样本的关系应提前设计。
质谱结果与 SIMOA 浓度可以直接换算吗？
不能直接假定。质谱主要读取肽段及碎片信号，SIMOA 读取特定抗体识别的抗原信号；测量对象、校准与单位可能不同。
页面所说的服务包括代谢组或修饰组吗？
本页说明已确认的蛋白质组学 DDA / DIA 方向。代谢组、富集或其他采集项目需要单独确认。
06 / RESEARCH & REFERENCES
带着问题，读研究。
精选方法与应用文献，帮助理解研究思路。
公开研究不代表佰默项目或检测性能承诺。
- 01平台与采集方法
A Compact Quadrupole-Orbitrap Mass Spectrometer with FAIMS Interface Improves Proteome Coverage in Short LC Gradients（在新窗口打开）
在 Exploris 480 上比较 DDA / DIA 与特定 FAIMS 条件，理解采集、样本和分析策略共同影响结果。
论文性能来自特定样本、LC 与 FAIMS 方案，不能脱离实验条件比较。
DOI: 10.1074/mcp.TIR119.001906
- 02真实研究如何使用结果
Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry of the Human Lens Enhances Spatiotemporal Measurement of Fiber Cell Aging（在新窗口打开）
以人晶状体区域的蛋白组研究说明，DDA / DIA 的选择应落到样本和比较问题上。
特定样本研究帮助理解采集策略，不代表一种策略适用于全部项目。
DOI: 10.1021/jasms.1c00193
- 03靶向低丰度蛋白定量
Single-molecule enzyme-linked immunosorbent assay detects serum proteins at subfemtomolar concentrations（在新窗口打开）
说明数字免疫检测如何对特定血清蛋白进行低浓度检测，为候选蛋白的后续检测提供方法背景。
靶向免疫检测与质谱的测量方式不同，读数不直接换算。
DOI: 10.1038/nbt.1641
蛋白质组学质谱服务 / 项目沟通
还没确定 DDA 或 DIA，
也可以先谈课题。
提供样本类型、研究分组、生物学重复和已有蛋白数据。如果目标已经明确，也请一起列出指标，我们会先讨论哪种方法能更直接回答问题。
讨论蛋白质组方案